Huge genetic study redraws the tree of life for flowering plants

유전체학으로 다시 피워낸 꽃의 생명의 나무

9,500 종 이상의 꽃의 유전자 정보를 모아 만들어낸 진화 계통수

  • 2024-04-24


30만 종이 넘는 꽃 중에 하나, 라파초 나무 / Roberto Tetsuo Okamura / Shutterstock

영국의 식물학자들이 9500여 종의 유전자 정보를 취합하여 꽃 식물 간의 진화 관계를 하나로 엮어냈다. 새로 작성된 계통수는 차후 꽃 식물의 기원을 규명하고 미래의 보존 노력을 알리는 데 큰 도움이 될 것이다.

육지에 서식하는 식물의 약 90%는 꽃을 피우고 열매를 맺는데, 이를 속씨식물이라고 한다. 속씨식물은 탄소를 저장하고 산소를 생산하는 등 지구의 환경 생태계를 유지하는 데 필수적이며, 인류 채소 식단의 거의 전부나 마찬가지다.

“우리는 사실상 속씨식물에 의존해서 살고 있는 것이나 마찬가지입니다. 당연히 더 많은 이해가 필요하다고 봅니다.”

영국 왕립 큐 가든의 윌리엄 베이커 박사가 강변했다.

베이커 박사 연구팀은 8년에 걸쳐 모든 식물과 균류의 진화적 관계를 설명하는 계통도를 완성하기 위해 노력해 왔다.

연구진은 일단 꽃 식물부터 시작해 모든 속씨식물의 핵에서 찾을 수 있는 353 가지 특정 유전자를 색출하기 위한 특수 프로브를 설계했다.

“세포핵 유전자는 어마어마하게 방대합니다. 전체를 분석하는 것이 아니라 특정 유전자 세트에 집중해야 하죠.”

지금까지 연구진은 전 세계에서 수집된 공공 데이터베이스 표본을 활용해 총 9,506 개의 꽃식물 유전자를 시퀀싱했다. 현존하는 거의 모든 속씨식물 과의 13,400 여 속 중 8,000 종에 해당한다. 사용된 표본 중에는 모래개미자리(Arenaria globiflora)와 같은 200년도 더 된 것과, 과달루페 올리브(Hesperelaea palmeri)같은 멸종된 표본도 있다.

연구진은 각 꽃식물의 유전자 염기서열의 유사성을 비교하여 이들의 계통과 위치를 정확하게 파악할 수 있었다.

이번 연구는 인류가 진행한 속씨식물 연구 중 가장 포괄적인 연구라고 한다.

“우리는 종종 이를 원소 주기율표에 비유합니다. 이 계통수, 생명의 나무가 바로 생명의 기반인 셈이죠.”

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속씨식물 계통수 / 왕립 큐 가든

약 1억 4천만 년 전에 처음 지구 상에 출현한 속씨식물은 급속도로 빠르게 번성해 꽃이 없는 겉씨식물을 제치고 이 세상의 지배 식물이 되었다. 어떠한 진화적 흔적없이 갑작스레 다양한 상태로 나타나버린 꽃식물은 지난 몇 세기 동안 과학자들의 골칫거리 중 하나였다. 찰스 다윈조차 이를 두고 “성질 긁는 미스테리”라고 불렀다.

이번에 발표된 계통수는 오늘날 현존하는 주요 꽃식물의 80%는 극초기부터 존재한 계통의 후예임을 확인시켜준다.

“‘성질 긁는 미스테리’를 풀었다고 말할 수 는 없지만 적어도 두 눈으로 확인은 할 수 있게 되었죠.”

계통수를 보면 4천만 년 전에 발생한 또 다른 다양성 급증을 확인할 수 있다. 이는 당시 지구의 기온이 급격하게 하락하며 촉발된 것으로 추정된다.

큐 가든 연구원 일리아 리치 박사는 이번에 발표한 계통수를 잘 활용하면 신약 개발을 위한 유효 식물을 찾는 것은 물론 신규 종자를 식별하고 기후 변화에 취약한 종을 평가하는 데 도움을 줄 수 있다며 기대감을 드러냈다.

미시시피 주립대 라이언 포크 박사 역시 이번 연구를 두고 이렇게 평했다.

“새로운 연구를 수행하기 위한 가장 최신의, 가장 훌륭한 진화적 프레임워크입니다. 꽃식물이 지구를 장악할 수 있었던 비결에 한 발짝 더 가까이 다가갈 수 있을 것입니다.”

참고 문헌

Phylogenomics and the rise of the angiosperms

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Huge genetic study redraws the tree of life for flowering plants

Genome study reveals prehistoric Ethiopian origins of coffee

선사시대 에티오피아에서 밝혀지는 커피의 기원

  • 2024-04-16

아침의 묘약, 인생의 쓴 맛, 마시는 향기, 나라가 허락한 유일한 각성제. 세계 어디서라도 커피는 음료 문화에 가장 커다란 부분을 차지하고 있을 것이다. 그리고 대체로 아라비카 원두를 로스팅한 커피를 마시고 있을 것이다.

최근 과학자들이 아라비카 커피의 유전자를 분석하여 기원을 찾아나섰다. 61만~100만 년 전 에티오피아의 깊은 숲 속, 서로 다른 두 종의 커피가 자연 교배한 결과물일 가능성이 가장 높다고 한다. 커피는 인류보다 오래된 선배인 셈이다.

18세기에 생산된 원두 표본을 포함한 총 39종의 아라비카 품종의 염기서열을 분석하여 아라비카 커피 (Coffea arabica) 의 게놈 지도를 완성했다. 아라비카의 근원은 물론 농사에 중요한 육종 특성이나 질병 저항성에 대한 데이터 등도 확인할 수 있었다.

Nature Genetics지에 실린 이번 연구를 이끈 뉴욕 버팔로 대학 식물진화학자 빅토르 알버트는 본지와 인터뷰에서 연구취지를 밝혔다.

“아라비카 커피는 세계에서 가장 많이 판매되는 부가가치 작물 중 하나입니다. 농경국가의 경제에서 큰 부분을 차지하고 있죠. 단순히 글로벌 대기업에 의해 착취되는 것이 아니라 각 국가, 각 지역의 소규모 농경인의 생계를 사실상 책임지고 있습니다. 커피가 가진 항산화 성능은 물론 카페인의 확고한 성능 덕분에 전세계인의 아침 각성을 도와주니까요.”

아라비카의 개체수는 지난 수십만 년간 기후의 변화에 따라 증가하거나 감소하며 번성했다. 이후 에티오피아와 예멘에서 처음 ‘재배’되기 시작한 후 급격히 세계로 퍼져나갔다.

네슬레 연구소의 유전체학 박사이자 스위스 연방공과대 교수인 패트릭 데스콤브는 이번 연구의 취지를 이렇게 설명했다.

“커피와 인류는 역사적으로 밀접한 관련이 있습니다. 커피 생산국가에서 커피는 단순한 작물이 아니라 문화와 전통의 일부를 형성하고 있습니다.”

아라비카는 비교적 적은 개체군을 유지해왔으며, 농경 역사동안 근친 교배를 반복해 왔기 때문에 유전적 다양성이 낮은 것으로 밝혀졌다. 해충과 질병에 취약하고, 기후 조건을 까다롭게 따지기 때문에 한정된 지역에서만 재배 가능하다.

“커피의 새로운 육종 방식을 개발해 궁극적으로 기후 변화, 질병으로부터 저항성을 갖추고 새로운 맛과 향을 가진 품종을 개발할 수 있게 될 것입니다.”

커피는 현재 세계에서 가장 널리 소비되는 음료로서 매일 22억 5천만 잔이 소비된다. 이 중 대부분은 아라비카 커피다.

연구진은 아라비카가 로부스타 커피(Caffea canephora)와 케냐 고산 커피(Caffea eugenioides)의 자연적 교배로 발생된 것으로 판단했다. 로부스타 커피는 2014년에 게놈 지도가 분석된 종이다.

로부스타는 인스턴트 커피에 주로 사용된다. 아라비카보다 덜 부드럽고 풍미도 약한 것으로 알려져 있으며 아프리카의 적도 인근 숲에서 자란다.

“로부스타는 병충해에 아주 강하고 질병내성도 뛰어납니다. 이름 그대로 견고(Robusta)하죠.”

케냐 고산 커피는 야생 커피로서 케냐의 고산지대에서 자란다. 이번 연구에 사용된 18세기 표본은 스웨덴의 박물학자 칼 린네가 커피 종을 분석하는 데 사용했던 표본으로써 런던에 보관중이었다.

알버트 박사는 “케냐 고산 커피의 염기 서열을 분석한 결과 오늘날 재배 중인 품종과 특별히 밀접한 연관성은 없다는 것을 밝혀냈다.”며 말을 마쳤다.

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Genome study reveals prehistoric Ethiopian origins of coffee

Right- or left-handed? Protein in embryo cells might help decide

나는 왼손잡이야 – 배아 세포 단백질부터 결정되는 주사용 손

세포 구조 구성 단백질에 관여하는 유전자가 뇌의 비대칭성을 결정할 수 있다

  • 2024-04-02


왼손잡이를 결정하는 유전자는 수십 가지에 이르며, 대략 10명 중 1명이 왼손잡이로 태어난다 / incamerastock / Alamy

유전자가 과연 모닝 커피 한 잔을 어느 손으로 집어드는지를 결정하는 데 어느 정도까지 영향을 줄까. 최근 과학자들이 약 35만 명의 유전자 데이터베이스를 분석한 결과 희귀 유전자 변이 중 일부가 인간의 주 사용 손에 영향을 미친다는 것을 발견했다. 해당 유전자는 세포골격을 구성하는 단백질인 튜불린에 관여하는 유전자이다.

4월 2일 Nature Communications에 게재[^1]된 논문에 따르면 해당 변이는 정확히 DNA의 부호화 영역에서 발견되었는데, 유전적 변이와 주사용 손을 연관지으려는 기존 연구들을 뒷받침하는 결과라 할 수 있다.

“좌우 뇌 반구의 비대칭성을 결정하는 데 튜불린이 관여한다는 학설을 뒷받침해주는 중요하면서도 의미있는 발견입니다.”

독일 함부르크 의과대학 신경과학자 세바스찬 오클렌버그는 이번 연구를 위와 같이 평가했다.

인간의 발달 과정을 보면 뇌의 좌우 반구는 배아 단계에서부터 비대칭적으로 연결되는데, 이러한 비대칭성이 누군가를 안을 때 기대는 방향, 음식을 씹는 입의 방향같은 사소한 습관에서부터 어느 손을 주로 사용하는지와 같은 명확한 의식적 행동에 일정 부분 영향을 주는 것으로 알려져 있다. 통계에 따르면 인구의 약 10%는 왼손을 주로 사용한다.

대부분의 사람들은 왼손이던 오른손이던 특정한 손을 반대쪽 손보다 더 선호하기 때문에 주사용 손에 관련된 유전자를 찾으면 뇌의 좌우 비대칭에 대한 단서를 자연스럽게 유도할 수 있게 된다.

영국 바이오뱅크의 게놈 전체 데이터를 분석했던 이 전의 연구[^2]에서 왼손잡이와 관련된 48개의 일반적 유전자 변이가 발견된 바 있었지만, 이는 대부분 DNA의 비부호화 영역에 있었다. 개중에는 튜불린의 발현 조절에 영향을 주는 영역 등이 포함되어 있었다. 튜불린은 세포의 모양과 움직임을 제어하는 미세소관이라고 하는 긴 튜브 모양의 섬유구조체를 구성하는 단백질이다.

해당 연구에 이어 네덜란드 네이메겐 막스 플랑크 심리언어학 연구소의 유전학-신경과학자 클라이드 프랑크 연구팀이 DNA 부호화 영역에서도 유전적 변이를 찾아낸 것이다. 이번 연구를 위해 영국 바이오뱅크의 데이터 중 313,271명의 오른손잡이와 38,043명의 왼손잡이의 유전자 데이터를 비교분석한 결과, TUBB4B라는 튜불린 유전자의 변이가 오른손잡이보다 왼손잡이에서 2.7배 더 흔한 것을 발견했다.

미세소관은 세포막의 내부를 지탱하는 머리카락같이 생긴 구조물인 섬모를 형성하는데, 발달 과정 중 섬모가 체액의 흐름을 비대칭으로 유도할 수 있기 때문에 결과적으로 주사용 손을 결정짓는데 영향을 줄 수 있다는 것이다.

해당 결과는 물론 막대한 양의 인간게놈 데이터 중 극히 일부의 사람들에게서만 발견된 변이이지만, 프랑크 박사는 이러한 희귀 변이가 “모든 사람의 뇌 비대칭 발달 메커니즘에 대한 단서를 찾을 수 있는 초석”이 될 것이라고 말한다. 이러한 발견이 하나 둘 누적되면서, 미세소관이 갖춘 소위 분자적 ‘손맛’이 초기 발달 과정에서 뇌의 비대칭성을 만들어내는 정확한 원리를 밝히는 방향성을 제시했다는 데 그 의의가 있다며 말을 마쳤다.

참고 문헌

[^1]: Schijven, D., Soheili-Nezhad, S., Fisher, S. E. & Francks, C. Nature Commun. 15, 2632 (2024). (https://doi.org/10.1038%2Fs41467-024-46277-w)
[^2]: Cuellar-Partida, G. et al. Nature Hum. Behav. 5, 59–70 (2021). (https://doi.org/10.1038%2Fs41562-020-00956-y)

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Right- or left-handed? Protein in embryo cells might help decide